综合计算工时制作为一种灵活安排工作时间的制度，近年来备受企业关注。然而，成都某物业公司却因该制度未获劳动行政部门批准，在劳动争议中败诉。法院判决该公司须向员工支付加班费与经济补偿金，揭示了合规操作的重要性。

本案当事人吴先生曾在该物业公司担任护卫工作。离职后，他通过劳动仲裁程序主张经济补偿金与加班工资。仲裁委员会支持了吴先生的请求，裁定公司在扣除已支付款项后，还需支付两千余元，并为其补缴社会保险。

物业公司对此不服，辩称双方劳动合同中明确约定适用综合计算工时制，因此不应再按标准工时制计算加班费用。公司据此向法院起诉，请求撤销仲裁裁决。

法院的判决警示所有用人单位：仅凭合同约定不足以规避法定的加班费支付义务。依据《劳动合同法》及其实施条例，企业实行综合计算工时制须事先取得劳动行政部门的批准。该审批是法定前置条件，缺失这一程序，即使有合同约定，也不能免除按标准工时制支付加班费的法律责任。

最终，成都市中级人民法院驳回物业公司诉讼请求，维持原仲裁裁决。该案例明确警示：企业合规不能仅依赖内部约定，必须完成法定的行政审批程序。否则，即便合同条款完善，也可能因程序缺失而无效，从而使企业面临额外的用工成本与法律风险。