话说，康熙帝刚与沙俄签署《尼布楚条约》，稳固了北部与东北部边疆，还没来得及歇口气，西部蒙古部落中一位名叫噶尔丹的首领又开始兴风作浪。这一场战事，整整持续了八年。

先说说背景。明末清初时期，北方蒙古族大致分为三大板块：漠南蒙古，即今内蒙古一带，早已归附清朝；漠北蒙古，大致相当于今天蒙古国地域；还有漠西蒙古，又称厄鲁特蒙古，即明朝赫赫有名的瓦剌部，活动于天山以北。这两块后来也相继归顺清朝。不过，漠西蒙古内部有个准噶尔部落，盘踞在今新疆伊犁草原一带，实力强劲。部落首领噶尔丹是个狠角色。他在沙俄的怂恿下，夺取部落大权后，便开始四处扩张掠夺。先是吞并漠西蒙古，接着又将矛头指向漠北蒙古。

漠北蒙古哪里抵挡得住噶尔丹的攻势？数十万百姓拖家带口，一路南下逃至漠南蒙古，恳请清朝庇护。康熙帝一边安置赈济这些难民，一边派人前往噶尔丹军营，要求他立即退兵，归还侵占的土地和牛羊。然而噶尔丹野心勃勃，早已萌生攻打北京城的念头，哪里听得进去？他直接挥师东进，大举来犯。

康熙帝这下铁了心，要狠狠教训噶尔丹。公元1690年，他亲自率军西征。左路军由抚远大将军福全统领，出古北口；右路军由安北大将军常宁率领，出喜峰口。

左路军率先与噶尔丹交锋，结果吃了败仗，只得后撤。噶尔丹因此更加轻视清军，一路向南猛攻，一直打到乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟境内），距离北京城仅剩七百里。他狂妄叫嚣着要打到北京去。康熙帝立即下令右路军停止后撤，迅速与左路军会合，在乌兰布通迎战噶尔丹。

这一仗打得十分精彩。噶尔丹将大军布阵在一座大山脚下，背靠山峦，一侧临河，一侧靠树林。更绝的是，他把一万多匹骆驼捆住四蹄，让它们躺在地上围成圆阵，骆驼背上绑着木箱，再蒙上湿毛毡，士兵们就躲在驼阵后面放炮射箭——这便是所谓的“驼城”。清军也不含糊，先架起大炮对准驼城中间猛轰。猛烈的炮火把骆驼炸得血肉横飞，驼阵被撕开一个大口子。正面清军的步骑兵趁机发起冲锋，另一支清军又从驼城背后包抄夹击。噶尔丹的叛军被打得丢盔弃甲，尸横遍野，狼狈逃窜。

为了拖延清军追击，噶尔丹派了一名喇嘛前来求和。福全赶忙向康熙帝禀报。康熙帝反应迅速，立即命令传令官火速追击。可就在清军等待命令的这么一会儿工夫，噶尔丹已经带着残兵败将，取道大兴安岭，逃回了漠北。

噶尔丹并没有死心。回到漠北后，他招兵买马，重整旗鼓，准备卷土重来。康熙帝派使者去邀请他来讲和、订立盟约，他不仅拒绝，还杀害了使者。随后他率领三万骑兵，还扬言从俄罗斯借了六万鸟枪兵，要杀向北京，夺取皇帝的宝座。同时，他派奸细潜入漠南，到处制造谣言，煽动叛乱。

康熙帝于是决定第二次亲征。这一次，他调集了十万大军，兵分三路：东路由黑龙江将军萨布素率领；西路由大将军费扬古率领，任务是切断噶尔丹的后路；中路则由康熙帝亲自统帅。

出征路上困难不少。有时粮草断绝，一天只能吃一顿饭，喝浑浊的河水。但康熙帝与将士们同甘共苦，将士们的士气反而更加高涨。途中还遇上连绵阴雨，西路军因此落在了后面。这时又有传言说沙俄要出兵帮助噶尔丹。随行的大臣担心孤军深入有危险，便请求康熙帝退兵。康熙帝坚决不同意，说：朕挂帅出征，连敌人的影子都没见到就退兵，怎么杀敌？怎么向百姓交代？再说，我中路一退，叛军就能集中兵力打西路，西路的将士们就危险了。

康熙帝的大军一直追到噶尔丹的大营前。噶尔丹听士兵报告说康熙帝亲征，已经到大营前，还不相信。等他跑上山头一看——清军军纪严明，兵强马壮，康熙帝的黄色龙旗迎风飘扬。他立刻明白自己不是对手，赶紧拔营西逃。康熙帝乘势追击，同时通知费扬古率西路军截击叛军。

费扬古在昭莫多（今蒙古国乌兰巴托东南）截住了噶尔丹的主力，双方展开激战。清军的伏兵突然杀出，出现在敌军背后和两翼。叛军阵脚大乱，被打得稀里哗啦。清军追击了三十多里，杀敌数千人。但噶尔丹还是带着几十名骑兵跑掉了。

第二年春天，康熙帝第三次率大军出征，围剿噶尔丹的残余部队。噶尔丹走投无路，最终服毒自杀。

康熙帝与噶尔丹的战争，打了整整八年。这场战争平息了蒙古草原上的持续骚乱，维护了中国版图的统一。

话说回来，噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦也不是省油的灯。噶尔丹在外面打打杀杀的时候，他趁机把伊犁地区占为己有。后来他又窜到西藏，强占地盘。康熙帝于是派大军进入西藏，赶走了策妄阿拉布坦，设置驻藏大臣，并护送达赖六世回藏，与朝廷派驻西藏的大臣及班禅喇嘛共同管理西藏。西藏从此回到了祖国大家庭的怀抱。