《龙刻》的故事背景为现代。主角水内司是个就读皆森高中的高中生。身为剑道社主将的他，与青梅竹马笠木爱娜一同为即将到来的剑道大会而努力练习着。但近来时常作的那个怪梦，却让他感到困惑不已。就在这时候，突然出现了一名叫「水乃内美流」的神秘转学生，于是平静的日子便慢慢地开始发生了变化……

六月……
本应闷热潮湿的梅雨季节，天空却连日滴雨未降。
对此表示担忧的新闻报导每天反覆播放着。
就读于皆森高中的水内司，最近频繁梦见某个场景。
一个注视着自己的哭泣女孩……
她那不甚清晰的面容，令人不由得心生怜爱。

甚至平日在与青梅竹马 笠木爱娜的剑道练习中，这个梦境也会不断出现。
某天，一位名叫 美流的女孩出现在了司的面前。
她自称是司的堂妹，然而司对此根本毫无印象。
但不可思议的是，她的模样却让司觉得似曾相识。

从那一天开始，司的身边发生了许许多多的怪事。
不停追逐着司，对他展开攻击的妖怪。
以及妖怪那若隐若现的企图……
司的梦境，究竟传递出了什么样的讯息？

　　本作故事围绕着城镇上的「千年银杏树」，以及据传在六年前被人目睹的「龙」，处处弥漫着浓浓的传奇色彩，有别于一般气氛明亮的恋爱 AVG。玩家必须化身为主角，一一去抽丝剥茧并发掘出事实的真相。

　　游戏中穿插着诙谐的日常生活，同时也有着例如「妖怪与人类的共存」等严肃的课题。随着剧情的逐渐发展以及主要角色的陆续登场之后，许许多多谜团也一一浮现了。主角的梦境究竟意味着什么？而那位神秘的转学生究竟是何身分？这些都有待玩家自行去发掘。