《生化奇兵(BioShock)》游戏里将有五项基本的武器种类可供使用，像是手枪、霰弹枪以及步枪等，不过不同于一般第一人称射击游戏里的玩家总有多种不同新武器可以使用，《BioShock》每种武器仅提供开发原型款式（prototype）供玩家使用，玩家必须藉由不同的升级套件来把这些原型武器改造成更强或是具有特殊功能的武器，例如步枪可以改成狙击步枪，或是把简单的弹道发射器改成榴弹发射器等。玩家在《BioShock》中也可利用生物扫瞄装置或是相机来拍摄敌人的照片，越清楚的照片将有助于玩家发现一些特殊物种的弱点；游戏中也将可能会出现人类以及非人类型式的敌人。