《口袋妖怪黑白2》游戏故事发生在2年后伊修地区里。游戏舞台是一样的，但城市的设施、登场的角色都还是有所变法的，本作还新增加了口袋妖怪这一角色。此外，该游戏还加强了通信联机方面的特色，可支持百人进行通行。

本作集成了目前已知问题的相关修复，其中包括经验、黑屏等问题。

出现了新城市和新道馆。
潜入连接周围的水全部干涸。
西部出现新城镇和若干道路。
帆巴市灯塔和冷冻集装箱消失，出现若干大坑。
飞云市至雷文市的道路建成。
口袋妖怪黑白版2中出现了新设施「ポケウッド」。
巨大的口袋妖怪「机械·班吉拉」在ポケウッド中出现。
口袋妖怪黑白版中雪华道馆训练家淡竹登场。
黑色城市与白色森林的居民系统取消，可以自由切换自己游戏中黑色城市或白色森林的出现。
合众图鉴新增至300种口袋妖怪。
增加按栖息地查看出现精灵的功能。
可达鸭、风速狗、乘龙、伊布、咩利羊、巨金怪、班吉拉、卷卷耳、利欧路、路卡利欧和玛狃拉都出现在了合众图鉴中。
并且游戏初期就可以遇到利欧路，可达鸭和伊布。