《奥特曼传奇》讲述了赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与地球防卫队TEAM·U相遇保卫地球的故事。受到突如其来的怪兽袭击,地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望,由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。
赛罗奥特曼到达地球后,先后击落了三架为百特星人护航的战斗机,并被为了救小武而不惜生命的大河望感动,合为一体。
正当大贺和武藏两人见面时,被突然出现的Team-U队长杏奈带去了地球防卫队,并被告知这个世界的现状。好景不长,百特星人重新派出了古维拉和哥美斯S,这使变身后的武藏陷入了苦战。最后,赛罗和高斯就要胜利之时,百特星人的圆盘突然出现,将两只怪兽消灭,这才得知,地球被百特星人选做了实验的场地。
第二天,百特星人再次现身,并放出了影像,众人才得知原来戴拿为了封印海帕杰顿使出了而耗尽了全部能量,变为了石像,而这时的海帕杰顿也已经破除封印而觉醒了。正当大贺懊悔之时,赛罗劝说大贺,使得大贺终于变身成为了赛罗奥特曼。U队的队员和小武找到闪光剑(戴拿奥特曼的变身器)之后,将它交给了杏奈队长。赛罗、高斯、戴拿三人消灭掉了芝顿幼体之后,才发现战斗并没有结束,后面即将面对的是更为棘手的对手:完全体超级芝顿,于是三人很快被超级芝顿打败。
大贺爬起来,发现赛罗的帕拉吉手镯变成了石头,飞鸟走过来说:不要放弃,超越极限的时候,能看到新的东西!武藏也鼓励他,三人站起大喊“真正的战斗,从现在开始!”驱动了帕拉吉手镯,变成了更强的赛迦气息。大贺、飞鸟、武藏三人也因此变身成最强的战士——赛迦奥特曼(Ultraman Saga)。经过一番激战,他们终于击败了海帕杰顿和百特星人,使得地球恢复了原本和平安定的日子。
之后,高斯回到了行星朱罗,戴拿也开始各个时空展开了新的旅程,大贺选择留在这颗被三位传说的英雄们拯救的地球,亲眼见证它的未来,开始了新的生活。赛罗也离开了大贺,飞回了光之国。
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