7月14日,阿里巴巴达摩院携手西湖大学正式公布了一项重要科研突破:基于干细胞重编程技术构建的大规模组合扰动数据集,并由此研发出名为“归元”的AI模型。通俗而言,该模型犹如一位“超级导师”,能够在数百万种小分子药物与生长因子的组合中,迅速筛选出最佳方案,从而精准引导细胞向目标干细胞状态转化。
依据AI推荐的方向,研究团队首次在体外成功培育出高质量的下胚层样干细胞。这种细胞具有非凡特性,能够稳定传代超过50代,有望为早期胚胎发育机制、类胚胎构建、体外造血系统,乃至白血病细胞治疗等前沿领域,提供全新的研究工具与创新思路。
要理解这项研究的重大意义,需要回溯到2006年。当年,科学家首次证实,通过特定因子可以将皮肤细胞“重编程”为诱导多能干细胞(iPSC)。形象地说,这相当于让一个已经“毕业上岗”的皮肤细胞,重新回到充满无限可能的“初始状态”。在重编程过程中,细胞实际上处于高度可塑阶段——此时,若加入不同的小分子药物和蛋白类生长因子,便有机会将其引导至多种不同的干细胞命运。
然而,关键问题在于如何找到那个“正确”的组合?阿里巴巴达摩院资深算法专家顾斐介绍,本研究涉及25种谱系调控因子,包括17种小分子药物和8种蛋白类生长因子。理论上,这些因子可组合成近400万种不同方案。若采用传统方法逐一实验验证,将耗费数十年时间,成本极高且成功率极低。
而“归元”模型采用双模态编码策略,巧妙解决了这一难题。该模型一方面利用分子结构表征对小分子药物进行编码,另一方面借助蛋白语言模型对生长因子、细胞因子等生物大分子进行编码。随后,将两类信息统一投射至同一高维表征空间,进而预测不同组合对细胞命运的具体影响。
更关键的是,研究团队在模型中引入了可解释性模块。这意味着AI不仅能够告知研究人员“哪个组合更可能有效”,还能解释“为什么有效”——其预测结果能够与已知的生物学信号通路建立关联。这好比不仅给出了考试答案,还清晰阐述了解题步骤。
最终,模型完成了对近400万种潜在组合的模拟预测。凭借其推荐的最优方案,研究团队成功获取了高质量的下胚层样干细胞。目前,团队已将“归元”模型应用于其他细胞命运调控任务,包括制备帕金森病细胞治疗管线所需的多巴胺神经元前体细胞,以及其他功能细胞类型,并协助优化生产工艺。


